Nøjagtig hvornår Stockholm blev grundlagt er svært at sige, men byen eksisterede som sådan i 1252, ifølge to kildeskrifter, som Birger Jarl udfærdigede dengang. Den fine beliggenhed som en sluse mellem Mälaren og Østersøen gjorde, at Stockholm var den by i landet, der voksede hurtigst, og i 1289 var byen rigets største.
I senmiddelalderen blev byen en magtfaktor i det landspolitiske spil mellem de danske konger i Kalmarunionen og det nationale oprør, som slægten Sture anførte. Det hele sluttede med Stockholms blodbad, en massehenrettelse i 1520 af de førende svenske modstandsfolk.
Gustav Vasa løsrev Sverige fra den nordiske union ved at låne penge af Hanseforbundet og gøre oprør mod Kristian II. Sct. Hans aften i 1523 indtog han Stockholm, der nu blev kongelig hovedstad. Det svenske herredømme over Østersøen blev styret fra slottet Tre Kronor, lige til det nedbrændte i 1679, hvilket var enden på imperiet.
Først i slutningen af 1800-tallet fik Stockholm igen fremgang via industrialiseringen. Der blev bygget brede boulevarder og smukke huse, og byen blev en rigtig storby.