München blev grundlagt i 1158 og blev hovedstaden i Bayern i 1506. Den svenske konge Gustav II Adolf besatte byen i 1632.
Der var et socialistisk kupforsøg i år 1919, men det blev slået ned. Nogle år senere i1923 gennemførte Hitler det såkaldte ølkælderkup i München, men dette kupforsøg blev også slået ned. München blev valgt som hovedstad for den nazistiske bevægelse i 1933, da Hitler tog magten i hele Tyskland. Under anden verdenskrig blev store dele af byen bombet sønder og sammen.
I sommeren 1972 blev Olympiaden afholdt i München, hvor en palæstinensisk terroristorganisation kidnappede israelske idrætsfolk. Der døde 17 personer i den forbindelse.