I 1200-tallet begynder København at ligne en rigtig by, og i de næste århundreder vokser byen meget kraftigt. Det er dog ikke før i 1479, at København bliver Danmarks kulturelle og officielle hovedstad. Udnævnelsen til hovedstad sker i forbindelse med, at Kong Kristian I grundlagde Københavns Universitet. I 1728 og 1795 hærger to store brande byen, som ødelægger meget af København.
I juli 2000 blev Øresundsbroen mellem Malmö i Sverige og København i Danmark indviet. Broen har været god til at knytte de to lande sammen.